g++ -g -O0 -c  filereader.cpp
g++ -g -O0 -c fixedgaps.cpp
g++ -g -O0 -c flmatrix.cpp
g++ -g -O0 -c intmatrix.cpp
g++ -g -O0 -c viterbi.cpp
g++ -g -O0 -c distancematrix.cpp
g++ -g -O0 -c clusterresults.cpp
g++ -g -O0 -c clusterinfo.cpp
g++ -g -O0 -c zscore.cpp
g++ -g -O0 -c random.cpp

g++ -g -O0 -o matlign clusterinfo.o distancematrix.o clusterresults.o filereader.o fixedgaps.o viterbi.o intmatrix.o flmatrix.o zscore.o random.o

rm *.o


