g++ -c filereader.cpp
g++ -c fixedgaps.cpp
g++ -c flmatrix.cpp
g++ -c intmatrix.cpp
g++ -c viterbi.cpp
g++ -c distancematrix.cpp 
g++ -c clusterresults.cpp

g++ -o matlign distancematrix.o clusterresults.o filereader.o fixedgaps.o viterbi.o intmatrix.o flmatrix.o

rm *.o

