g++ -g -O0 -c filereader.cpp
g++ -g -O0 -c fixedgaps.cpp
g++ -g -O0 -c flmatrix.cpp
g++ -g -O0 -c intmatrix.cpp
g++ -g -O0 -c viterbi.cpp
g++ -g -O0 -c distancematrix.cpp 
g++ -g -O0 -c clusterresults.cpp

g++ -g -O0 -o align2 distancematrix.o clusterresults.o filereader.o fixedgaps.o viterbi.o intmatrix.o flmatrix.o

rm *.o

valgrind
