Select neighbours (check boxes) for viewing as multiple structural alignment or 3D superimposition.
The list of neighbours is sorted by Z-score. Similarities with a Z-score lower than 2 are spurious.
Each neighbour has links to pairwise structural alignment with the query structure,
and to the PDB format coordinate file where the neighbour
is superimposed onto the query structure.
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Summary
No: Chain Z rmsd lali nres %id PDB Description
1: 2oof-A 76.0 0.0 403 403 100 PDB MOLECULE: 4-IMIDAZOLONE-5-PROPANOATE AMIDOHYDROLASE;
2: 2uz9-A 36.0 2.8 359 444 17 PDB MOLECULE: GUANINE DEAMINASE;
3: 3ls9-A 36.0 2.8 367 453 19 PDB MOLECULE: TRIAZINE HYDROLASE;
4: 2paj-A 35.9 2.9 345 421 17 PDB MOLECULE: PUTATIVE CYTOSINE/GUANINE DEAMINASE;
5: 4cqb-A 35.4 2.7 354 402 16 PDB MOLECULE: N-ISOPROPYLAMMELIDE ISOPROPYL AMIDOHYDROLASE;
6: 3mkv-A 35.3 2.9 345 414 21 PDB MOLECULE: PUTATIVE AMIDOHYDROLASE;
7: 1k6w-A 35.0 2.9 356 423 14 PDB MOLECULE: CYTOSINE DEAMINASE;
8: 1j6p-A 34.7 2.7 340 407 15 PDB MOLECULE: METAL-DEPENDENT HYDROLASE OF
9: 3mtw-A 34.6 3.3 337 404 20 PDB MOLECULE: L-ARGININE CARBOXYPEPTIDASE CC2672;
10: 4c5y-A 33.5 2.9 345 436 17 PDB MOLECULE: OCHRATOXINASE;
11: 4rdv-B 29.7 3.0 341 451 16 PDB MOLECULE: N-FORMIMINO-L-GLUTAMATE IMINOHYDROLASE;
12: 2vun-A 28.4 3.2 318 385 16 PDB MOLECULE: ENAMIDASE;
13: 3icj-A 28.1 2.9 325 468 18 PDB MOLECULE: UNCHARACTERIZED METAL-DEPENDENT HYDROLASE;
14: 1yrr-B 25.8 3.5 307 334 16 PDB MOLECULE: N-ACETYLGLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEACETYLASE;
15: 1onx-A 25.7 3.5 312 390 16 PDB MOLECULE: ISOASPARTYL DIPEPTIDASE;
16: 3nqb-A 25.3 3.3 311 587 18 PDB MOLECULE: ADENINE DEAMINASE 2;
17: 3giq-A 24.8 3.9 328 475 20 PDB MOLECULE: N-ACYL-D-GLUTAMATE DEACYLASE;
18: 2ogj-A 24.3 3.9 303 379 17 PDB MOLECULE: DIHYDROOROTASE;
19: 1gkp-A 24.1 3.8 319 458 18 PDB MOLECULE: HYDANTOINASE;
20: 3ooq-A 23.9 3.2 283 384 18 PDB MOLECULE: AMIDOHYDROLASE;
21: 3gri-A 23.0 3.8 312 422 17 PDB MOLECULE: DIHYDROOROTASE;
22: 4b3z-D 22.6 4.1 320 477 13 PDB MOLECULE: DIHYDROPYRIMIDINASE-RELATED PROTEIN 1;
23: 3e74-A 22.3 3.7 298 429 19 PDB MOLECULE: ALLANTOINASE;
24: 2imr-A 22.3 5.0 300 380 15 PDB MOLECULE: HYPOTHETICAL PROTEIN DR_0824;
25: 1a4m-A 19.6 3.2 264 349 16 PDB MOLECULE: ADENOSINE DEAMINASE;
26: 2y1h-B 19.2 3.3 235 265 12 PDB MOLECULE: PUTATIVE DEOXYRIBONUCLEASE TATDN3;
27: 1a5k-C 18.6 3.3 293 566 18 PDB MOLECULE: UREASE (GAMMA SUBUNIT);
28: 3k2g-B 17.1 4.0 243 358 16 PDB MOLECULE: RESINIFERATOXIN-BINDING, PHOSPHOTRIESTERASE-
29: 1bf6-A 17.0 3.8 234 291 15 PDB MOLECULE: PHOSPHOTRIESTERASE HOMOLOGY PROTEIN;
30: 2ob3-A 16.8 4.1 239 329 18 PDB MOLECULE: PARATHION HYDROLASE;
31: 2vc5-A 16.2 4.5 238 314 17 PDB MOLECULE: ARYLDIALKYLPHOSPHATASE;
32: 1v77-A 16.0 2.6 178 202 10 PDB MOLECULE: HYPOTHETICAL PROTEIN PH1877;
33: 3cjp-A 16.0 3.4 211 262 12 PDB MOLECULE: PREDICTED AMIDOHYDROLASE, DIHYDROOROTASE FAMILY;
34: 2ffi-A 15.8 3.4 224 273 13 PDB MOLECULE: 2-PYRONE-4,6-DICARBOXYLIC ACID HYDROLASE, PUTATIV
35: 3gg7-A 15.8 3.4 212 243 11 PDB MOLECULE: UNCHARACTERIZED METALLOPROTEIN;
36: 4mup-B 15.5 3.3 220 286 10 PDB MOLECULE: AMIDOHYDROLASE;
37: 2a3l-A 15.3 3.9 276 616 12 PDB MOLECULE: AMP DEAMINASE;
38: 3irs-A 14.7 3.8 224 281 8 PDB MOLECULE: UNCHARACTERIZED PROTEIN BB4693;
39: 4dlf-A 14.3 3.9 220 287 12 PDB MOLECULE: AMIDOHYDROLASE 2;
40: 1itq-A 13.9 3.6 223 369 9 PDB MOLECULE: RENAL DIPEPTIDASE;
41: 4hk5-D 13.4 4.5 235 380 12 PDB MOLECULE: URACIL-5-CARBOXYLATE DECARBOXYLASE;
42: 2dvt-A 13.3 4.0 219 325 11 PDB MOLECULE: THERMOPHILIC REVERSIBLE GAMMA-RESORCYLATE DECARBO
43: 4ofc-A 13.2 4.1 225 335 13 PDB MOLECULE: 2-AMINO-3-CARBOXYMUCONATE-6-SEMIALDEHYDE DECARBOX
44: 3pnu-A 13.1 4.2 238 338 12 PDB MOLECULE: DIHYDROOROTASE;
45: 2gwg-A 13.1 4.1 222 329 12 PDB MOLECULE: 4-OXALOMESACONATE HYDRATASE;
46: 4qrn-A 12.6 4.1 223 352 10 PDB MOLECULE: 5-CARBOXYVANILLATE DECARBOXYLASE;
47: 3qy6-A 12.3 3.3 189 247 14 PDB MOLECULE: TYROSINE-PROTEIN PHOSPHATASE YWQE;
48: 4dzi-C 12.1 3.9 214 388 13 PDB MOLECULE: PUTATIVE TIM-BARREL METAL-DEPENDENT HYDROLASE;
49: 2qpx-A 11.9 4.7 222 376 10 PDB MOLECULE: PREDICTED METAL-DEPENDENT HYDROLASE OF THE TIM-BA
50: 3dcp-A 11.2 2.7 169 277 13 PDB MOLECULE: HISTIDINOL-PHOSPHATASE;
51: 1m65-A 11.0 3.6 187 234 12 PDB MOLECULE: HYPOTHETICAL PROTEIN YCDX;
52: 3au2-A 10.9 3.6 181 575 14 PDB MOLECULE: DNA POLYMERASE BETA FAMILY (X FAMILY);
53: 3iac-A 10.3 4.0 216 469 12 PDB MOLECULE: GLUCURONATE ISOMERASE;
54: 1j5s-A 10.2 4.7 230 451 12 PDB MOLECULE: URONATE ISOMERASE;
55: 3f2b-A 9.4 7.3 180 994 9 PDB MOLECULE: DNA-DIRECTED DNA POLYMERASE III ALPHA CHAIN;
56: 1bks-A 8.5 3.9 179 255 11 PDB MOLECULE: TRYPTOPHAN SYNTHASE;
57: 2anu-A 7.9 3.2 154 224 12 PDB MOLECULE: HYPOTHETICAL PROTEIN TM0559;
58: 2yb1-A 6.7 4.2 150 284 11 PDB MOLECULE: AMIDOHYDROLASE;
59: 3e38-A 6.1 3.6 161 342 14 PDB MOLECULE: TWO-DOMAIN PROTEIN CONTAINING PREDICTED PHP-LIKE
Pairwise Structural Alignments
Notation: three-state secondary structure definitions by DSSP (reduced to H=helix, E=sheet, L=coil) are shown above the amino acid sequence. Structurally equivalent residues are in uppercase, structurally non-equivalent residues (e.g. in loops) are in lowercase. Amino acid identities are marked by vertical bars.
No 1: Query=2oofA Sbjct=2oofA Z-score=76.0
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DSSP LLLLEEEEEEEELLLLLLLLLLLLLLLEEEEEELLEEEEEEEHHHLLLLLLLEELLLLEE Query LNCERVWLNVTPATLRSDLADYGLLEPHALGVHEGRIHALVPXQDLKYPAHWQDXKGKLV 60 ident |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct LNCERVWLNVTPATLRSDLADYGLLEPHALGVHEGRIHALVPXQDLKYPAHWQDXKGKLV 60 DSSP LLLLEEEEEEEELLLLLLLLLLLLLLLEEEEEELLEEEEEEEHHHLLLLLLLEELLLLEE DSSP EELEEEEEELLLLLLLLHHHHHHHHHLLLHHHHHHLLLLHHHHHHHHHHLLHHHHHHHHH Query TPGLIDCHTHLIFAGSRAEEFELRQKGVPYAEIARKGGGIISTVRATRAASEDQLFELAL 120 ident |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct TPGLIDCHTHLIFAGSRAEEFELRQKGVPYAEIARKGGGIISTVRATRAASEDQLFELAL 120 DSSP EELEEEEEELLLLLLLLHHHHHHHHHLLLHHHHHHLLLLHHHHHHHHHHLLHHHHHHHHH DSSP HHHHHHHHHLEEEEEEELLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLEEEEEEEEELLLLHHHL Query PRVKSLIREGVTTVEIKSGYGLTLEDELKXLRVARRLGEALPIRVKTTLLAAHAVPPEYR 180 ident |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct PRVKSLIREGVTTVEIKSGYGLTLEDELKXLRVARRLGEALPIRVKTTLLAAHAVPPEYR 180 DSSP HHHHHHHHHLEEEEEEELLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLEEEEEEEEELLLLHHHL DSSP LLHHHHHHHHHHLHHHHHHHLLLLLEEEEEELLLLLLHHHHHHHHHHHHHLLLEEEEEEL Query DDPDSWVETICQEIIPAAAEAGLADAVDVFCEHIGFSLAQTEQVYLAADQYGLAVKGHXD 240 ident |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct DDPDSWVETICQEIIPAAAEAGLADAVDVFCEHIGFSLAQTEQVYLAADQYGLAVKGHXD 240 DSSP LLHHHHHHHHHHLHHHHHHHLLLLLEEEEEELLLLLLHHHHHHHHHHHHHLLLEEEEEEL DSSP LLLLLLHHHHHHHLLLLEEEELLLLLHHHHHHHHHHLLEEEELHHHHHHLLLLLLLLHHH Query QLSNLGGSTLAANFGALSVDHLEYLDPEGIQALAHRGVVATLLPTAFYFLKETKLPPVVA 300 ident |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct QLSNLGGSTLAANFGALSVDHLEYLDPEGIQALAHRGVVATLLPTAFYFLKETKLPPVVA 300 DSSP LLLLLLHHHHHHHLLLLEEEELLLLLHHHHHHHHHHLLEEEELHHHHHHLLLLLLLLHHH DSSP HHHLLLLEEELLLLLLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHLLLHHHHHHHLLHHHHHHLLLLLLL Query LRKAGVPXAVSSDINPGTAPIVSLRXAXNXACTLFGLTPVEAXAGVTRHAARALGEQEQL 360 ident |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct LRKAGVPXAVSSDINPGTAPIVSLRXAXNXACTLFGLTPVEAXAGVTRHAARALGEQEQL 360 DSSP HHHLLLLEEELLLLLLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHLLLHHHHHHHLLHHHHHHLLLLLLL DSSP LLLLLLLLLLEEEELLLLLLHHHHLLLLLLEEEEEELLEELLL Query GQLRVGXLADFLVWNCGHPAELSYLIGVDQLVSRVVNGEETLH 403 ident ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct GQLRVGXLADFLVWNCGHPAELSYLIGVDQLVSRVVNGEETLH 403 DSSP LLLLLLLLLLEEEELLLLLLHHHHLLLLLLEEEEEELLEELLL
DSSP lLLLEEEEeEEELLLLLLlLLLLLLLLEEEEEE-LLEEEEEEEHHHLL--------LLLL Query lNCERVWLnVTPATLRSDlADYGLLEPHALGVH-EGRIHALVPXQDLK--------YPAH 51 ident | | | ||| | | | | Sbjct -PLAHIFR-GTFVHSTWT-CPMEVLRDHLLGVSdSGKIVFLEEASQQEklakewcfKPCE 57 DSSP -LLLEEEE-EEEEELLLL-LLLEEEEEEEEEELlLLLEEEEEEHHHHHhhhhhhllLHHH DSSP LEELLL-LEEEELEEEEEELLLL---llLLHHhhhhhhhlllhhhhhhllLLHHHHHHHH Query WQDXKG-KLVTPGLIDCHTHLIF---agSRAEefelrqkgvpyaeiarkgGGIISTVRAT 107 ident ||| | | | | Sbjct IRELSHhEFFMPGLVDTHIHASQysfagSSID----------lpllewltKYTFPAEHRF 107 DSSP EEELLLlLEEEELEEEEEEEHHHhhhllLLLL----------llhhhhhhHLHHHHHHHH DSSP HhlLHHHHHHHHHHHHHHHHHHLEEEEEEELLLlllhhhHHHHHHHHHHHHHHLLLEEEE Query RaaSEDQLFELALPRVKSLIREGVTTVEIKSGYgltledELKXLRVARRLGEALPIRVKT 167 ident | | | | || | Sbjct Q--NIDFAEEVYTRVVRRTLKNGTTTACYFATI------HTDSSLLLADITDKFGQRAFV 159 DSSP H--LHHHHHHHHHHHHHHHHHLLEEEEEEELLL------LHHHHHHHHHHHHHHLLEEEE DSSP EEEEeLLLL-HHHLllhhhHHHHHHhLHHHHHHHLLL-------LLEEEEEELlLLLLHH Query TLLAaHAVP-PEYRddpdsWVETICqEIIPAAAEAGL-------ADAVDVFCEhIGFSLA 219 ident | | | | Sbjct GKVC-MDLNdTFPE--ykeTTEESI-KETERFVSEMLqknysrvKPIVTPRFS-LSCSET 214 DSSP ELEE-LLLLlLLLL--lllLHHHHH-HHHHHHHHHHHhhlllleEEEEEELLH-HHLLHH DSSP HHHHHHHHHHHLLLEEEEEELLLL------------llLHHHHHH----HLLLLEEEELL Query QTEQVYLAADQYGLAVKGHXDQLS------------nlGGSTLAA----NFGALSVDHLE 263 ident | | | | Sbjct LMGELGNIAKTRDLHIQSHISENRdeveavknlypsykNYTSVYDknnlLTNKTVMAHGC 274 DSSP HHHHHHHHHHHHLLEEEEEELLLHhhhhhhhhhlllllLHHHHHHhlllLLLLEEEEELL DSSP LLLHHHHHHHHHHLLEEEELHHHHHHLLLlLLLLHHHHHHLLLLEEELLLLLllLLLLLL Query YLDPEGIQALAHRGVVATLLPTAFYFLKEtKLPPVVALRKAGVPXAVSSDINpgTAPIVS 323 ident || | || | | | | | | | Sbjct YLSAEELNVFHERGASIAHCPNSNLSLSS-GFLNVLEVLKHEVKIGLGTDVA--GGYSYS 331 DSSP LLLHHHHHHHHHHLLEEEELHHHHHHLLL-LLLLHHHHHHLLLEEEELLLLL--LLLLLL DSSP HHHHHHHHHHHHL-----------LLHHHHHHHLLHHHHHHLLLLLLLLLLLLLLLLLEE Query LRXAXNXACTLFG-----------LTPVEAXAGVTRHAARALGEQEQLGQLRVGXLADFL 372 ident | | || | | ||| | || | Sbjct MLDAIRRAVMVSNillinkvneksLTLKEVFRLATLGGSQALGLDGEIGNFEVGKEFDAI 391 DSSP HHHHHHHHHHHHHhhhhlllllllLLHHHHHHHHLHHHHHHLLLLLLLLLLLLLLLLLEE DSSP EELLL--------------------LLLHHHHLLLLLLEEEEEELLEELLL-- Query VWNCG--------------------HPAELSYLIGVDQLVSRVVNGEETLH-- 403 ident | || | | Sbjct LINPKasdspidlfygdffgdiseaVIQKFLYLGDDRNIEEVYVGGKQVVPfs 444 DSSP EELLLllllllllllhhhhlllllhHHHHHHHHLLHHHEEEEEELLEEEELll
DSSP lllLEEEEEE-EELLLLLLLlllLLLLLEEEEEELLEEEEEEEHhhLLLL--LLLEELLL Query lncERVWLNV-TPATLRSDLadyGLLEPHALGVHEGRIHALVPXqdLKYP--AHWQDXKG 57 ident | || | | | | | Sbjct ---MILIRGLtRVITFDDQE---RELEDADILIDGPKIVAVGKD--LSDRsvSRTIDGRG 52 DSSP ---LEEEEEEeEEELLLLLL---LEEEEEEEEEELLEEEEEELL--LLLLllLEEEELLL DSSP LEEEELEEEEEELLLL-LLLLHHHHHHHhhlllhhhhhhllLLHHHHHHHHH---HLLHH Query KLVTPGLIDCHTHLIF-AGSRAEEFELRqkgvpyaeiarkgGGIISTVRATR---AASED 113 ident |||| | || | | | | Sbjct MIALPGLINSHQHLYEgAMRAIPQLERV-------tmaswlEGVLTRSAGWWrdgKFGPD 105 DSSP EEEEELEEEEEELHHHhHHLLLHHHLLL-------lhhhhhHHHHHHHHHHHhllLLLHH DSSP HHHHHHHHHHHHHHHHLEEEEEEELLLLL-LHHHhhHHHHHHHHHHHHLLLEEEEEEEeE Query QLFELALPRVKSLIREGVTTVEIKSGYGL-TLEDelKXLRVARRLGEALPIRVKTTLLaA 172 ident | | | ||| | | || Sbjct VIREVARAVLLESLLGGITTVADQHLFFPgATAD--SYIDATIEAATDLGIRFHAARS-S 162 DSSP HHHHHHHHHHHHHHHLLEEEEEEEELLLLlLLLL--LHHHHHHHHHHHHLLEEEEEEL-L DSSP LLL-------lHHHLllhhhHHHHHHhLHHHHHHHLLL--------LLEEEEEELLlLLL Query HAV-------pPEYRddpdsWVETICqEIIPAAAEAGL--------ADAVDVFCEHiGFS 217 ident | | Sbjct MTLgkseggfcDDLF---vePVDRVV-QHCLGLIDQYHepepfgmvRIALGPCGVP-YDK 217 DSSP LLLlhhhllllLHHH---llLHHHHH-HHHHHHHHHHLllllllleEEEELLLLLL-LLL DSSP HHHHHHHHHHHHHLLLEEEEEELLLLLL---------LHHH-----HHHHlLLLEEEELL Query LAQTEQVYLAADQYGLAVKGHXDQLSNL---------GGST-----LAANfGALSVDHLE 263 ident | | | | | | Sbjct PELFEAFAQMAADYDVRLHTHFYEPLDAgmsdhlygmTPWRflekhGWAS-DRVWLAHAV 276 DSSP HHHHHHHHHHHHHHLLEEEEEELLLLHHhhhhhhhllLHHHhhhhlLLLL-LLEEEEELL DSSP LLLHHHHHHHHHHLLEEEELHHHHHHLLLlLLLLHHHHHHLLLLEEELLLLLLlLLLLLL Query YLDPEGIQALAHRGVVATLLPTAFYFLKEtKLPPVVALRKAGVPXAVSSDINPgTAPIVS 323 ident | | | || | | | || Sbjct VPPREEIPEFADAGVAIAHLIAPDLRMGW-GLAPIREYLDAGITVGFGTTGSA-SNDGGN 334 DSSP LLLHHHHHHHHHHLLEEEELHHHHHHLLL-LLLLHHHHHHLLLEEEELLLLLL-LLLLLL DSSP HHHHHHHHHHHH----------LLLHHHHHHHLLHHHHHHLLLlLLLLLLLLLLLLLEEE Query LRXAXNXACTLF----------GLTPVEAXAGVTRHAARALGEqEQLGQLRVGXLADFLV 373 ident | | | | || | || || | | || Sbjct LLGDLRLAALAHrpadpnepekWLSARELLRMATRGSAECLGR-PDLGVLEEGRAADIAC 393 DSSP HHHHHHHHHHHLhhhllllhhhLLLHHHHHHHLLHHHHHHLLL-LLLLLLLLLLLLLEEE DSSP ELL---------LLLLHHHHLLLLLLEEEEEELLEELLL--------------------- Query WNC---------GHPAELSYLIGVDQLVSRVVNGEETLH--------------------- 403 ident | | | |||| Sbjct WRLdgvdrvgvhDPAIGLIMTGLSDRASLVVVNGQVLVEnerpvladlerivanttalip 453 DSSP EELllhhhllllLHHHHHHHLLLLLLLLEEEELLEEEEElleellllhhhhhhhhhhhll
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